Ekki fara sögur af öðrum kvikfénaði í Stokkseyrarhreppi en nautgripum, sauðfé og hrossum. Á síðustu áratugum hefir hænsnarækt auk þess verið stunduð í smáum stíl, mest til heimilisþarfa. Þess sést enginn vottur, t. d. í örnefnum, að geitur og svín, sem í fornöld voru algeng víða um land, hafi nokkurn tíma verið hluti af bústofni Stokkseyringa.

Í Jarðabók Árna Magnússonar og Páls Vídalíns, sem ger er í Stokkseyrarhreppi 1708, er kvikfénaður nákvæmlega talinn á hverri jörð, og er það elzta heimildin um það efni. Mesta athygli vekur bæði þar í sveit og annars staðar, hve nautgripaeign manna er mikil og almenn á þeim tímum. Henni hrakar svo niður í lágmark upp úr móðuharðindunum, en fer aftur ört vaxandi á fyrstu áratugum 19. aldar og hélzt nokkurn veginn svipuð öldina út. En það er ekki fyrr en 1940, sem samanlagður nautgripafjöldi í Stokkseyrarhreppi fer fram úr tölunni 1708. Var þá líka komin til sögunnar mikil ræktun, mjólkurbú upp risin og áherzla lögð á kúabúskap.

Sauðfjáreign hefir jafnan verið í minna lagi í Stokkseyrarhreppi, og aldrei hafa þar verið miklir sauðabændur, svo að menn viti, í líkingu við það, sem tíðkaðist sums staðar, einkum í uppsveitum. Mest var sauðfjáreign manna á 19. öld og framan af þessari; voru þó fáir, sem áttu 100 fjár eða þar yfir, enda stunduðu flestir á þeim tíma jafnframt sjávarútveg. Búfjártalan hefir og verið harla breytileg og óstöðug. Á síðastliðnum tveimur öldum hafa þrjár skaðræðisplágur gengið yfir sauðfjárstofn flestra landsmanna og valdið miklum búsifjum: fjárkláðinn fyrri á seinna hluta 18. aldar, fjárkláðinn síðari á seinna hluta 19. aldar og mæðiveikin á síðustu áratugum. Fjárkláðanum fyrra, sem geisaði hér 1761-1779, var að lokum útrýmt með almennum niðurskurði og fjárskiptum á tilteknu svæði í senn. Haustið 1775 var allt fé skorið niður í 8 hreppum Árnessýslu milli Þjórsár og Hvítár og nýr fjárstofn fluttur þangað í staðinn. Áttu margir bændur örðugt uppdráttar á þessum árum og voru vart búnir að ná sér eftir þetta áfall, er móðuharðindin dundu yfir 1783-1785. Eftir aldamótin var fénaðartalan komin nokkurn veginn í samt lag. Fjárkláðinn síðari gaus upp árið 1855, og tókst ekki að vinna að fullu bug á honum fyrr en eftir tvo áratugi. Risu upp miklar deilur um meðferð kláðans, vildu sumir niðurskurð, en aðrir lækningu, og varð misklíð þessi mjög til óþurftar. Þó að aldrei kæmi til niðurskurðar í Stokkseyrarhreppi, fækkaði mjög sauðfé manna þar um slóðir, einkum á fyrstu kláðaárunum, svo að víð hallæri lá, og voru menn mörg ár að koma fjárstofninum upp aftur. Árið 1938 barst mæðiveikin í sauðfé til Árnessýslu og gerði þar stórkostlegan usla og bakaði ríki og einstaklingum kostnað og fyrirhöfn. Loks var framkvæmdur almennur niðurskurður á öllu sauðfé milli Þjórsár og Hvítár haustið 1951. Var héraðið sauðlaust næsta ár, en haustið 1952 var flutt inn á svæðið þingeyskt fé, eins og áður er nánara frá skýrt í þætti um fjallskil og afréttarmál.

Selfarir voru frá mörgum jörðum í hreppnum fyrr á tímum. Efra-Sel og Syða-Sel eru án efa fyrstu sel frá Stokkseyri. Selstaða var tekin upp í Stokkseyrarseli skömmu eftir 1500, fyrst frá heimajörðinni, síðan af hjáleigubændum í Stokkseyrarhreppi, og loks var það tekið í fasta ábúð seint á 16. öld. [note]Sbr. Bólstaðir o. s. frv. 342-343.   [/note]Bjarnasel heitir enn á Stokkseyrarmýri, og er það sennilega kennt við Bjarna lögréttumann ríka Sigurðsson, er bjó á Stokkseyri allan fyrra hluta 17. aldar. Sel hafa verið frá þessum bæjum: Ásgautsstöðum, Kalastöðum, Grímsfjósum og Gerðum, sem eru við þá kennd. Einnig eru sel kennd við Traðarholt, Grjótlæk og Holt, og líklegt er, að verið hafi sel frá fleiri bæjum. Rústir sjást nú ekki af þessum fornu seljum, nema sem þýfðir hólar; að öðru leyti eru það örnefnin, sem veita vitneskju um, hvar þau hafi verið. Í seljum var málnytupeningur hafður á sumrum til að forða átroðningi á tún og engjar heima fyrir.

Sauðfjáreign hefir jafnan verið í minna lagi í Stokkseyrarhreppi, og aldrei hafa þar verið miklir sauðabændur, svo að menn viti, í líkingu við það, sem tíðkaðist sums staðar, einkum í uppsveitum. Mest var sauðfjáreign manna á 19. öld og framan af þessari; voru þó fáir, sem áttu 100 fjár eða þar yfir, enda stunduðu flestir á þeim tíma jafnframt sjávarútveg. Búfjártalan hefir og verið harla breytileg og óstöðug. Á síðastliðnum tveimur öldum hafa þrjár skaðræðisplágur gengið yfir sauðfjárstofn flestra landsmanna og valdið miklum búsifjum: fjárkláðinn fyrri á seinna hluta 18. aldar, fjárkláðinn síðari á seinna hluta 19. aldar og mæðiveikin á síðustu áratugum. Fjárkláðanum fyrra, sem geisaði hér 1761-1779, var að lokum útrýmt með almennum niðurskurði og fjárskiptum á tilteknu svæði í senn. Haustið 1775 var allt fé skorið niður í 8 hreppum Árnessýslu milli Þjórsár og Hvítár og nýr fjárstofn fluttur þangað í staðinn. Áttu margir bændur örðugt uppdráttar á þessum árum og voru vart búnir að ná sér eftir þetta áfall, er móðuharðindin dundu yfir 1783-1785. Eftir aldamótin var fénaðartalan komin nokkurn veginn í samt lag. Fjárkláðinn síðari gaus upp árið 1855, og tókst ekki að vinna að fullu bug á honum fyrr en eftir tvo áratugi. Risu upp miklar deilur um meðferð kláðans, vildu sumir niðurskurð, en aðrir lækningu, og varð misklíð þessi mjög til óþurftar. Þó að aldrei kæmi til niðurskurðar í Stokkseyrarhreppi, fækkaði mjög sauðfé manna þar um slóðir, einkum á fyrstu kláðaárunum, svo að víð hallæri lá, og voru menn mörg ár að koma fjárstofninum upp aftur. Árið 1938 barst mæðiveikin í sauðfé til Árnessýslu og gerði þar stórkostlegan usla og bakaði ríki og einstaklingum kostnað og fyrirhöfn. Loks var framkvæmdur almennur niðurskurður á öllu sauðfé milli Þjórsár og Hvítár haustið 1951. Var héraðið sauðlaust næsta ár, en haustið 1952 var flutt inn á svæðið þingeyskt fé, eins og áður er nánara frá skýrt í þætti um fjallskil og afréttarmál.

Selfarir voru frá mörgum jörðum í hreppnum fyrr á tímum. Efra-Sel og Syða-Sel eru án efa fyrstu sel frá Stokkseyri. Selstaða var tekin upp í Stokkseyrarseli skömmu eftir 1500, fyrst frá heimajörðinni, síðan af hjáleigubændum í Stokkseyrarhreppi, og loks var það tekið í fasta ábúð seint á 16. öld.1 Bjarnasel heitir enn á Stokkseyrarmýri, og er það sennilega kennt við Bjarna lögréttumann ríka Sigurðsson, er bjó á Stokkseyri allan fyrra hluta 17. aldar. Sel hafa verið frá þessum bæjum: Ásgautsstöðum, Kalastöðum, Grímsfjósum og Gerðum, sem eru við þá kennd. Einnig eru sel kennd við Traðarholt, Grjótlæk og Holt, og líklegt er, að verið hafi sel frá fleiri bæjum. Rústir sjást nú ekki af þessum fornu seljum, nema sem þýfðir hólar; að öðru leyti eru það örnefnin, sem veita vitneskju um, hvar þau hafi verið. Í seljum var málnytupeningur hafður á sumrum til að forða átroðningi á tún og engjar heima fyrir. Þar önnuðust selkonur mjaltir og matgerð úr mjólkinni. Langt er nú síðan selfarir lögðust niður, en fráfærur héldust fram á þessa öld.

Fremur má teljast gott undir bú í Stokkseyrarhreppi. Er mýrin sérstaklega notadrjúg og vorgóð, en á sjávarjörðunum fjörubeit. Horfellir varð því aldrei í Stokkseyrarhreppi, svo að menn viti dæmi til. Jafnvel harða vorið 1882 bjargaðist fénaður þar af, þótt með herkjumunum væri. Þá hélt Evlalía í Kakkarhjáleigu t. d. lífinu í öllum ánum sínum, 17 að tölu, með því nær eingöngu að beita þeim á mýrina, þegar út á leið og hey var þorrið. Annars var það venja þar um slóðir, að konur önnuðust gegningar, eftir að vertíð byrjaði, og má það hafa átt þátt í góðum skepnuhöldum. Konurnar höfðu síður brjóst í sér til að draga við fénaðinn, ef heyföng annars leyfðu.

Hrossaeign í Stokkseyrarhreppi mun hafa verið nærri meðallagi. Margir bændur áttu þó fleiri hross en nauðsynlegt var til heimilisnota. Oft áttu hrossin hér sem annars staðar illa ævi á vetrum og urðu að berja fyrir sér á útigangi. Gengu þau mikið í fjörunni, kröfsuðu þöngla og þara og burgust við það. Á síðari árum hefir hrossum fækkað, enda er hlutverk þeirra nú annað og minna en áður var.

Í hreppnum hefir lengi starfað nautgriparæktarfélag, og sömuleiðis hefir lengi verið unnið að kynbótum sauðfjár og hrossa og gripasýningar verið haldnar. Verður nánar minnzt á það síðar.

Hér fer á eftir yfirlit um tölu búpenings í Stokkseyrarhreppi síðan 1708: