Hafnarskilyrði eru á Stokkseyri í erfiðasta lagi sökum hins mikla skerjagarðs, er út frá landi liggur. Stokkseyrarsund var og er aðalsundið, en þar eru hættusamir kaflar á innsiglingunni, svo sem Miðboðinn, Snepillinn og Skælurnar og allt til þess er komið er inn fyrir Dyrós. En þar fyrir innan tekur við skipalægið, sem Blanda nefnist og er allgott. Þar lét Grímur í Nesi setja niður skipsfestar árið 1891, svo að lítil kaupskip gátu eftir það legið þar og athafnað sig, og er það fyrsta hafnarbótin, sem gerð var á Stokkseyri. Á seinni áratugum hefir mikið verið gert til þess að bæta lendingar- og hafnarskilyrði á Stokkseyri, þótt enn sé mikið óunnið, til þess að fullnægjandi geti kallazt.

Litlu fyrir síðustu aldamót létu verzlanir á Stokkseyri gera uppskipunarbryggju með spori á og vögnum, og var sú bryggja hlaðin, en ekki steypt. Var seinna meir hætt að halda henni við, og hrundi hún smám saman. Árið 1914 og næsta ár byggðu útgerðarmenn á Stokkseyri nýja bryggju, enda var þess full þörf vegna hinnar miklu fjölgunar, sem þá var orðin á vélbátum þar.[note] Suðurland, 9. jan. 1915.  [/note] Mynduðu vélbátaeigendur félag með sér um það að halda bryggjunni við og stækka hana, og nefndist það „Bryggjufélag útgerðarmanna á Stokkseyri“. Haustið 1934 lét það vinna allmikið að endurbótum á henni, og veitti hreppurinn til þess árið eftir kr. 768.60. Eftir því sem útgerð þvarr og bátum fækkaði og einkum er hreppurinn gerðist aðili að útgerðinni, kom það meir en áður í hans hlut að halda bryggjunni við á sinn kostnað. Á árunum 1946-1947, er framkvæmdir voru sem mestar við hafnarbæturnar, var bryggjan lengd til muna og breikkuð, og sumarið 1955 var hún enn lengd um 12 metra. Má hún nú teljast allmikið mannvirki. Geta allmargir vélbátar legið þar samtímis, jafnvel þegar lágsjávað er.

Hafnarbætur hafa einkum verið fólgnar í því að dýpka innsiglinguna með því að sprengja úr rásunum í sundinu og enn fremur með því að koma upp betri sundmerkjum en áður. Talið er, að byrjað hafi verið á þessu verki árið 1906,[note]Sama rit, 5. sept. 1953.   [/note] mest fyrir atbeina Ólafs kaupmanns Árnasonar, sem útvegaði til þess styrki frá Árnes- og Rangárvallasýslu og verzlunum á Stokkseyri. Var þá unnið að þessu í tvö sumur, en þá varð að hætta um sinn vegna fjárskorts. Liðu svo mörg ár, að ekki var aðhafst, unz Jón Sturlaugsson tók að beita sér fyrir lendingarbótum, þar á meðal byggingu nýju bryggjunnar 1914, og hafnarbótum. Var Jón hinn mesti áhugamaður um það mál og beitti sér fyrir útvegun fjár í þessu skyni bæði hjá sýslu og ríki, og séð hefi eg heimildir fyrir því, að hreppsnefndin hækkaði tvívegis framlag hreppsins til hafnarbóta fyrir hans orð og atbeina. Á árunum 1923-1929 var unnið meira og minna við hafnarbæturnar með styrk frá sýslu og ríki og fleiri aðiljum Var þá einkum unnið við Snepilrásina með aðstoð kafara. Einnig munu á þeim árum hafa verið reistar vörðurnar þrjár, sem eru leiðarmerki á sundinu og komu í stað hinna fornu sundmerkja á landi uppi, svo sem sundtrjáa, húsa, bæja eða fjalla, sem miða þurfti við. Utasta varðan heitir Snepilvarða og er fyrir innan sundið, miðvarðan Skarísvarða og sú innsta Dyrósvarða. Á árunum 1933-1934 var aftur unnið nokkuð að hafnarbótum og þá einkum að dýpkun Miðboðarásarinnar.

Árið 1937 mældi Þorlákur Helgason verkfræðingur upp höfnina á Stokkseyri fyrir hönd vitamálaskrifstofunnar og gerði uppdrátt af henni. Einnig gerði hann áætlun um kostnað við nauðsynlegar hafnarbætur, og taldist honum svo til, að kosta mundi 45.000 kr. að lagfæra hana, svo að viðunanlegt væri. Lagði hann til, að hafizt yrði handa um að lagfæra kaflann frá Leiðarskeri inn fyrir Dyrós. Jókst nú stórum áhugi manna að koma þessu verki sem fryst í framkvæmd. Hinn 11. febr. 1938 kaus hreppsnefndin þriggja manna nefnd til þess að vinna sérstaklega að þessu máli og gera tillögur um það til hreppsnefndarinnar. Nefndina skipuðu Þorgeir Bjarnason, Björgvin Sigurðsson og Sigurgrímur Jónsson, og var þetta undanfari hafnarnefndar, sem kosin var 1. febr. 1942 og hefir starfað sem föst nefnd síðan, en í fyrstu hafnarnefndinni áttu sæti þeir Símon Sturlaugsson, Guðjón Jónsson og Helgi Sigurðsson. Í framhaldi af starfi þessara nefnda voru nú á alþingi sett lög um lendingarbætur á Stokkseyri, nr. 22, 20. maí 1942, þar sem meðal annars er kveðið á um það, að ríkissjóður leggi fram helming kostnaðar við lendingarbæturnar, eða allt að 100.000 kr. gegn jafnmiklu tillagi annars staðar að. Hafnarnefnd samdi síðan uppkast að reglugerð um Lendingarsjóð Stokkseyrar og lagði fyrir hreppsnefndina. Var það samþykkt með nokkrum breytingum. Jafnframt var samin ný gjaldskrá fyrir afnot bryggju og hafnar til þess að afla tekna til frekari umbóta á höfninni. Samþykkti hreppsnefndin að leggja á nýtt gjald í þessu skyni, 3% af verði heildarafla þeirra báta sem gengju til fiskiveiða í veiðistöðinni. Var gengið að fullu frá reglugerð þessari 21. marz 1943, og var hún birt í Stjórnartíðindum sama ár, nr. 184, 17. sept. 1943, en þar var gjaldið af heildarafla bátanna ákveðið 6%. Við setningu laganna um lendingarbætur og útvegun fjár til hafnarframkvæmda hjá alþingi naut hreppsnefndin aðstoðar og milligöngu þingmanna héraðsins. Lagði ríkissjóður og sýslunefnd Árnessýslu auk hreppsins sjálfs árlega í mörg ár fram nokkra upphæð til hafnarbóta á Stokkseyri, og er nægilegt fé hafði safnazt, voru framkvæmdir hafnar.

Aðalframkvæmdirnar hófust 1946 og stóðu yfir í 2-3 ár á tímabilinu frá vertíðarlokum til ágústloka ár hvert. Fyrsta árið var unnið fyrir 126.500 kr., aðallega við dýpkun á innsiglingunni um Dyrós og Skælurnar, annað árið fyrir rúmlega 109.000 kr., einkum við að breikka Snepilrásina og dýpka Miðboðann, og þriðja árið var unnið fyrir 50.000 kr., sem hreppurinn lagði fram. Við þetta verk unnum. a. kafarar til að sprengja grjót neðan sjávar, en fleki var notaður til að flytja það burt. Á þessum árum var bryggjan einnig endurbyggð, breikkuð og lengd til muna.

Talsvert hefir verið unnið við hafnarbætur síðan, svo sem 1951 fyrir 60.000 kr., en einkum þó árið 1954, er varið var 150.000 kr. til hafnarbóta. Var þá unnið um sumarið og einnig nokkuð árið eftir við dýpkun rásanna í sundinu, einkanlega Snepilrásarinnar, með aðstoð kafara eins og áður. Eru nú hafnarskilyrði á Stokkseyri stórum betri en fyrr, en betur má þó enn, ef duga skal.

Þess má geta, að 1927 var að tillögu Jóns Sturlaugssonar keyptur þokulúður til leiðbeiningar við innsiglinguna, ef með þyrfti. Fyrir fáum árum var einnig settur upp ljóskastari við gamla Nielsenshúsið til þess að lýsa upp leiðina, ef komið er að í myrkri. Er þetta hvort tveggja til öryggis.