Fyrstu stórflóðin á Eyrum, sem um getur í heimildum, urðu á 14. öld. Árið 1316 segir Gottskálksannáll m. a. svo frá tíðindum: ,,Kom flóð svo mikið á Máríumessu síðari [þ. e. 8. september] um sumarið að xv nátta gömlu tungli, að sjór féll inn í allar inar fremri búðir á Eyrum suður, þar er menn mundu ei fyrr orðið hafa.“[note] Isl. Annaler ved G. Storm, 344.  [/note] Annað stórflóð kom árið 1343, og segir Skálholtsannáll svo frá því: ,,Braut skip af hafi komanda við Háfssanda næsta dag fyrir Máríumessu síðari [þ. e. 7. september], er herra Ormur biskup kom út á; drukknuðu af xv menn og tapaðist mikið góz. Þann sama dag var sjóvargangur svo mikill af stormi og veðri, að sjór gekk langt upp um allar búðir á Eyrum. Rak upp tvö skip önnur en það, er braut; hraktist góz manna, en margir fengu stórskaða í fjártjóni.“[note] Sama rit, 210.   [/note] Afleiðingar þessara flóða hafa m. a. orðið þær, að verzlunarbúðirnar á Eyrum, hinar fremri búðir, sem annállinn talar um, hafa verið fluttar upp á bakkann.

Á næstu öldum er stöku sinnum getið um flóð, er valdið hafi skaða á þessu svæði, en nánari lýsingar eru ekki til á þeim. Og löngum stundum fekk landið að gróa í friði, svo sem ráða má af ummælum síra Jóns Egilssonar um Eyrarbakka á dögum Ögmundar biskups. ,,Þá var þar svo fagurt, að enginn steinn sást frá Skúmsstöðum og út að Einarshöfn, heldur voru það allt slétta flatir og harða grund og allt vaxið með sóleyju, svo sem sæi á gull.“[note] Biskupaannálar, Safn I, 80.   [/note]

Eitt hið mesta flóð, sem sögur fara af, var flóðið mikla 2. jan. 1653, sem kallað hefir verið Háeyrarflóð. Um það eru til allrækilegar heimildir. Í Grindavíkurannál síra Gísla Bjarnasonar á Stað, sem tekinn er upp í Sjávarborgarannál og er samtímaheimild, er þessum atburði lýst á þessa leið: ,,Áttadagur (þ. e. nýársdagur) á laugardag, en morguninn þar eftir var stormur hræðilegur á sunnan og útsunnan með óvenjulegum sjávargangi upp á landið í öllum stöðum fyrir austan Reykjanes, svo túnin spilltust, en skipin brotnuðu víða. Sérdeilis skeði þetta á Eyrarbakka, Grindavík og Selvogi suður. Á Eyrarbakka sköðuðust mest tún, hús og fjármunir; raskaðist víða um bæi. Maður einn sjúkur, með því hann gat ekki úr húsinu flúið, þar fyrir drukknaði hann þar. Það skeði í gömlu Einarshöfn. Timburhús eitt tók upp við dönsku búðir og flaut upp á Breiðamýri. Á Hrauni og Háeyri á Eyrarbakka varð mestur skaði. Þar tók alla skemmuna burt með öllu því í henni var og bar upp í tjarnir. Nokkuð fannst aftur af því. Nokkrar kýr drápust í fjósinu á Hrauni, einn hestur í hesthúsi og nokkrar kýr hjá húsunum. Sjórinn féll inn í allan bæinn. Sumir menn héldu sér uppi á húsbitunum, en sumir afstóðu flóðið uppi á húsþekjum. Ekkjan Katrín missti í því stórflóði til 80 hundraða.“[note]Ísl. annálar IV, 291-292.   [/note]

Í Seiluannál, sem er einnig samtímaheimild, segir enn fremur: ,,Þann 9. jóla kom flóð mikið og óvenjulegt á Eyrarbakka suður um kveldið, svo gekk yfir tún og laskaði víða bæi, drukknuðu sumstaðar inni kýr og færleikar og sumt úti, en hvað inni var í húsum spilltist allt saman, en fólkið hjálpaði sér á hæðum og húsum, meðan það sjávarfall yfirstóð, með hræddum huga; gerði það mestan skaða á Hrauni og Háeyri, svo þaðan flutu kistur og önnur eign langt upp í Flóa, brotnuðu og skemmdust, búðir danskra röskuðust einninn, sérdeilis ein; úr henni flutu trén allt upp að Flóagafli, því hana tók alla í burtu.“[note] Ísl. annálar I, 303.  [/note]

Ekkert flóð virðist hafa valdið jafnmiklum skemmdum á jörðum sem Háeyrarflóðið, því að eftir það varð að flytja bæina á þremur jörðum í Stokkseyrarhreppi, Einarshöfn, Hrauni og Skipum; auk þess fór þá í eyði hjáleigan Pálskot, sem stóð á sjávarbakkanum skammt fyrir austan Gamla-Hraun, og byggðist hún ekki aftur.

Á öskudaginn árið 1779 gerði stórflóð á Eyrarbakka og olli miklu tjóni. Hefir það verið nefnt öskudagsflóðið. Þá flaut í kringum bæinn á GamlaHrauni, bátum var ekki frítt á túninu, og í kálgarði ofan við bæinn lá fiskur, sem skolað hafði upp með briminu. f þessu flóði eyddist jörðin Rekstokkur hjá Óseyrarnesi og hjáleigan Salthóll, sem stóð fyrir vestan túnið á Gamla-Hrauni, var flutt upp í túnjaðar á Stóra-Hrauni.

Næst verður þá fyrir það sjávarflóð, sem að öllum líkindum er hið mesta, sem nokkru sinni hefir komið í Stokkseyrarhreppi, síðan land byggðist. Það varð aðfaranótt hins 9. janúar 1799 og hefir ýmist verið kallað aldamótaflóðið eða stóraflóð, en syðra var það nefnt Básendaflóð, því að þá eyddist hinn forni kaupstaður að Básendum. Magnús Stephensen hefir lýst þeim náttúruhamförum, er þessu flóði urðu samfara og hinum miklu spjöllum, er þá urðu um suðvestanvert landið. Veðrinu lýsir hann svo: ,,Þetta minnistæða, skaðlega ofsaveður byrjaði litlu eftir miðnætti; í fyrstu var vindurinn af suðri, en undir daginn og eftir því sem veðrið fór vaxandi, hopaði vindurinn til útsuðurs og komst loks, undir það slota tók veðrinu, á vestan. Með þessu feikna veðri fylgdi ofsaregn, skruggur og leiftranir. Himinninn var að vitni þeirra, sem réðust í að voga lífi sínu með að fara út, á meðan veðrið stóð yfir, ógnar og ofboðslega útlítandi; mikil ókyrrð sýndist vera á stjörnunum, og þegar til lofts reif, hvað oft skeði af ofviðrinu, virtist sem himinhvelfingin þrykktíst niður að jörðunni. Veðrinu var samfara haugabrim og hér við bættist stór eður lítið minnkandi straumur. Vindur, brim og geysistraumur varð því allt samtaka í þeirri mikilvægu umbyltingu og stórkostlega tjóni, sem Ísland hreppti nóttina milli þess 8. og 9. jan. 1799, sem lengi mun minnistæð í þess árbókum.“

Um tjónið í Stokkseyrarhreppi segir Magnús Stephensen eftir samtíma skýrslum: ,,Á Eyrarbakka braut sjórinn og tók algjörlega burt eitt pakkhús, í hverju var töluvert af rúgi, nokkuð af baunum og margslags öðrum höndlunarvörum; húsviðinn og nokkuð af því, sem geymt var í því, rak upp í mýri fyrir ofan, langa leið frá. Öllum stakkstæðum umvelti sjórinn eins og skansí þeim, sem þar var hlaðinn af stórum steinum, og sáust ekki minnstu merki til hvorugs, þá út fjaraði. Allt hvað á plássinu lá, timbur og annað, bar sjórinn víðs vegar; grundvöllinn gróf hann undan flestöllum höndlunarhúsum á Eyrarbakka, skemmdi margslags vörur, svo sem salt og annað, gekk upp um gólf í húsunum og inn um læstar dyr, braut glugga og mölvaði þil. Dauðans hræðsla umspennti alla þá, sem á Eyrarbakka vóru, í þessum sjóargangi og ofviðri; þá og þá bjuggust þeir við, að sjórinn mundi brjóta niður húsin eður gjörsamlega soga þeim út með mönnum og öðru, sem í þeim var, þó hlaut þar enginn líf- eður lima-tjón. Svo hafði brimgangurinn lækkað og jafnað malarkampinn, að ekki var orðinn mikið hærri en fjaran; stóð Eyrarbakkabúum ekki lítill ótti af þessu, því þeir gizkuðu á, að í meira lagi venjulegt flóð mundi hér eftir ganga inn í hús þeirra, þar fyrirstaða öll var í burtu; bættist það og við hræðslu þeirra, að ekkert undanfæri gafst til að flýja.

Á Stokkseyrarþingsókn brotnuðu 4 áttræðingar, 8 sexræðingar, 6 fjögramannaför og 8 þriggjamannaför. f sömu þingsókn finn eg, að eftirskrifaðar jarðir hafa skemmzt að túnum þannig: Á Stokkseyri og hjáleigum eru öll tún af vegna landbrots og áburðar af sandi og grjóti, líka engjar nema 2 kýreldispláss; þar eru og auk margra brotinna og bilaðra húsa burttekin ofan í grunn: stór skemma með öllu því, sem í henni var nema eitt stafgólf, 2 áttræðingsbúðir, sem stóðu á hlaðinu, í hverjum var farviður af öllum Stokkseyrarbúenda skipum; 11 hross fórust og frá þessum bæ; hér að auk höfðu bændur þessarar jarðar mesta skaða og missir á nauðsynlegustu bjargræðismeðölum sínum, mat, húsgagni og eldiviði. Á Kalastöðum eru tún að mestu af vegna sands og grjóts, hús mörg brotin og tilgengin; þar misstist og mikið af matvælum, heyi og öðru. Á Grímsfjósum tók tún að mestu leyti af; þar fórust 3 hross og ein kýr og hey skemmdist mikið. Á Ranakoti drápust 3 hross, misstist þriggja kúa fóður af heyi, skemma, eldiviður og matur. Þetta býli álízt vegna sands óbyggilegt. Á Kotleysu fórst hestur; á Dvergasteinum drapst eitt naut, eitt hross og 3 sauðarkindur; allt tún tók þar af og öll hús nema baðstofu, margt misstist og skemmdist. Á Stargerðshúsum flutu öll hey úr heygarði nema einn faðmur, sem þó skemmdist, skemma brotnaði, sjómannabúð tók burt, matbjörg og fatnaður misstmisstistist og skemmdist. Á Símonarhúsi fórust 2 kýr, féllu hús, skemmdist matbjörg, hey og eldiviður, tún skemmdist mikið. Í Götu fór tún af og drapst einn hestur. Líkur þessu og ekki minni var skaði á 52 býlum í Stokkseyrarþingsókn, hvern rúm þessara Tíðinda ekki leyfir mér upp að telja. Alls fórust í þessari þingsókn 63 hross, 9 nautkindur og 58 sauðarkindur; 29 manns flúðu algjörlega frá heimilum sínum, en margir um tíma eftir sjóarganginn.“[note] Minnisverð tíðindi II, 107-110. Þar stendur ranglega ártalið 1798, og er það leiðrétt hér.  [/note]

Við þessa rækilegu lýsingu á stóraflóði er raunar ekki þörf að bæta. Þessar óvenjulegu náttúruhamfarir urðu mönnum að vonum minnistæðar, og ýmsar sagnir um flóðið gengu enn meðal gamalla manna allt fram á þessa öld. Skal hér getið um nokkrar þeirra.

Það gegnir furðu, að ekkert manntjón skyldi hljótast af stóraflóði, en víða skall hurð nærri hælum með það. f sjóbúð á Stokkseyrarhlaði bjó einsetukerling nokkur. Henni var bjargað að Vestri-Móhúsum og rétt á eftir hrundi sjóbúðin. Heimafólk á Stokkseyri flúði einnig að Vestri-Móhúsum með fénað, sem til náðist, þar á meðal kýrnar, og björguðust þær þar fyrir norðan heyr5arðinn. Á Kalastöðum og Dvergasteinum ætlaði fólkið að flýja, en komst ekki burt; lét það fyrir berast með kýrnar í heygarðinum og komst þar af. Madama Þórdís Jónsdóttir í Dvergasteinum, sem orðin var öldruð, treysti sér ekki út og hafðist við á baðstofupallinum um nóttina. Gekk sjór undir pallinn, en gömlu konuna sakaði ekki; baðstofan var eina húsið sem eftir stóð á bænum. Salthóll í Hraunshverfi var eini bærinn, sem fór í eyði í flóðinu. Heimilisfólki þar var bjargað heim að Stóra-Hrauni að undanteknum bóndanum þar, Alexíusi Jónssyni, sem lá í kör í kotinu. Hann vildi ekki yfirgefa kotið, bauð fólkinu góðar nætur og bjóst við dauða sínum. Þegar hans var vitjað morguninn eftir, stóð eigi annað eftir af bænum en baðstofugaflinn. Lá karl þar undir í rúmi sínu og hafði hann ekki sakað.

Mikið af fénaði fórst í flóðinu, einkum hross og sauðfé. Flest hrossin, sem fórust, voru út við Bjarnavörðu, höfðu leitað þar skjóls. En þar varð enginn friður fyrir brotsjóum, svo að þau leituðu undan og ætluðu að synda norður fyrir tjarnir. Er það stutt sund, en veikur ís var á tjörnunum, svo að þau komust ekki áfram og drápust þar öll. Var þessi slysalegi hrossadauði lengi í minnum hafður, og einhvern tíma mörgum árum síðar spurði Helgi Sveinsson, sem kallaður var bæjargúll, að því í einfeldni sinni, hvort það hefði verið Nóaflóð, þegar hrossin fórust í Stokkseyrarhverfinu. Um sauðkindurnar fór líkt og með hrossin, og engin tök voru á því að bjarga þeim í tæka tíð. Flest hrossin og kindurnar fundust síðar uppi á Selsheiði. Hrannir af þangi og þara rak og upp á Selsheiði og upp undir Ásgautsstaði, og sýnir það sjávarhæðina. Viðir og búshlutir úr bæjum fundust eftir flóðið víðs vegar upp um mýri og trjáviður af Eyrarbakka upp við Kaldaðarnes og umhverfis Flóagafl.

Ekki er að efa, að miklar skemmdir hafa orðið á landi, einkum túnum og engjum, og hafa þær einkum verið fólgnar í áhleðslu af sandi og grjóti. Sagt er, að hólarnir í túnunum á Kalastöðum, Grímsfjósum og Stokkseyri séu samanmokaður sandur eftir stóraflóð, sem síðan var látið yfir þang og þari og því næst tyrft yfir. Mikið af sandi hefði og verið ekið í Löngudæl. Fyrir flóðið var Hópið á Eyrarbakka djúpt sefflóð, en þá barst í það svo mikið af grjóti og sandi, að eftir það varð það grunnt og gróðurlítið. Sama máli gegndi um Skerflóð. Það var áður djúpt og vaxið sefi og miklu stærra en það er nú.

Við framlandið í Löngudæl var og áður djúpt sefflóð, en eftir stóraflóð varð það grunnt og sandborið. Fyrir 1799 náðu bakkarnir niður að klöppum alla leið út fyrir Bjarnavörðu, og voru þar góð slægjulönd. Landi þessu var skipt í skákir, og réðu mörkum ferðamannagötur, sem voru nálægt því, sem vegurinn er nú. Fyrir norðan göturnar áttu land heimajörðin Stokkseyri, Dvergasteinar og Kalastaðir, en fyrir framan göturnar vestast og næst Hraunsmörkum Gerðar og svo Hóll, þar sem nú heitir Njörður. Þar sem nú er sundvarðan áttu Grímsfjós land. Enn fremur áttu skákir á þessu svæði Móhúsin, Ranakot og Starkaðarhús. Fyrir austan Íragerðin voru sams konar skipti á bökkunum fyrir Götu, Símonarhús, Roðgúl og býlin þar fyrir austan. Í flóðinu barst svo mikið af sandi og grjóti yfir bakkana, að allar skákir fyrir framan ferðamannagötur eyðilögðust nema frá Gerðum og Hól. En þær skákir fóru sömu leiðina í seinni flóðum, einkum í svonefndu þorraþræls/lóði um 1830 og í flóðinu 21. sept. 1865.[note] Þessar sagnir um stóraflóð eru að mestu eftir frásögn Jóns Adólfssonar í Grímsfjósum í handriti Þórðar Jónssonar bókhaldara, sbr, einnig Br. J., Kambsránssögu I, 5. kap. o.fl. heimildir.  [/note]

Á síðari tímum hafa allstór flóð komið og valdið spjöllum, þótt engin þeirra hafi sem betur fer komizt í hálfkvisti við stóraflóð. Í flóðinu 1865 brotnaði stórt stykki úr sjógarðinum við verzlunarhúsin á Eyrarbakka. Var þá safnað saman öllum verkfærum mönnum á Eyrarbakka og Stokkseyri og hlaðið um fjöruna upp í skarðið og styrkt með stórum trjám. Við aðfallið dró úr briminu, og hefir garðurinn staðið síðan. Í þessu flóði brotnuðu skip í báðum þorpunum. Sumir hyggja, að þá hafi framrás Skipaár stíflazt að fullu og upp úr því hafi Baugsstaðaá verið skorin fram. Nokkur mikil flóð hafa komið eftir síðustu aldamót, t. d. 9. febr. 1913, 21. jan. 1916 og 21. jan. 1925. Ollu þau öll nokkrum skemmdum, einkum á sjógörðum og engjum.

Hinu síðasta þessara flóða lýsir Vigfús Guðmundsson á þessa leið: ,,1925, 21. jan., kom meira flóð og veður af suð-suðaustan átt en elztu menn mundu. Braut þá mjög sjógarð, þann helzt, er nýlega var byggður, og að miklu leyti frá Stokkseyri út að Hraunsá. Sjór gekk víða í kjallara og í nokkur hús, en braut þau ekki. Þá fauk olíugeymsluskýli kaupfélagsins Heklu. Eigi varð manntjón né fénaðar á Eyrarbakka. En vaðið var í sjó allt að mitti og brotinn gafl í fjárhúsi til að bjarga kindum frá Hraungerði. Kom þar skarð dálítið í gamla garðinn.

Flóðið kom á björtum degi, og vegna þess tókst miklu betur að bjarga fólki, fénaði, bátum og öðru en þá er flóðin geisa yfir í náttmyrkri ásamt ofviðri. Lítið stykki brotnaði úr nýlega garðinum á Einarshafnarlandi, og spillti það nokkrum bletti á sandgræðslusvæðinu. Gömlu garðarnir stóðust flóðið að mestu og yngri garður, sem gróður var farinn að binda. Nokkuð skolaðist líka úr bakkabrotunum, sem þá voru enn fyrir neðan sjógarðinn frá Gamla-Hrauni vestur á móts við kirkjugarðinn. Á þessum slóðum flaut víða nokkuð ofan af sjógarðinum, svo að grjót og sandur barst inn á engjarnar þar að innanverðu. Við Hraunsá bugar garðurinn langt inn. Þar eru steinlímdir kampar, nál. 4 m. á hæð, og stóðst steypan flóðið. En í kverkinni að vestanverðu brotnaði stykki úr garðinum, og þar með skolaðist burt mikið af grjóti innan úr stöpulsteypunni, svo að hún stóð eftir eins og stór hellisskúti. En grjótið hafði dreifat um Stóra-Hraunsengjarnar, svo sem vel væri rótað úr áburði. Fyrir austan ána í Stokkseyrarlandi braut einnig mjög mikið af garðinum nýja allt austur undir hverfið. Við það eyddist aftur mikið af því, sem byrjað var að gróa og græða innan garðsins í urðinni, sem löngu fyrr voru engjar Stokkseyrar.“[note]Saga Eyrarbakka I, 47. Sjá enn fremur Brim og boða II, Rvík 1952, bls. 208-2010, eftir Sigurð Heiðdal.   [/note]

Hér verður saga flóðanna í Stokkseyrarhreppi ekki rakin framar en orðið er. Það, sem hér hefir verið sagt, mun nægja til þess að gefa mönnum hugmynd um, hvílíkur vágestur þau hafa verið byggðarlaginu fyrr og síðar. Hvergi á Íslandi var þörfin jafnbrýn að snúast til varnar og bægja hættunni frá dyrum. En öld eftir öld leið svo, að ekkert var aðhafat. Þess var raunar ekki að vænta, að fólk þar tæki öðrum landsmönnum svo fram, að það réðist í kostnaðarsöm mannvirki á tímum örbirgðar og áþjánar, þegar hugsunarháttur þjóðarinnar var meira að segja svo umkomulaus, að litið var á náttúruhamfarir sem refsingu fyrir syndir mannanna. Hugmyndin um sjóvarnargarð á Eyrum, allt frá Ölfusá og austur fyrir Stokkseyrarhverfi, er sennilega ekki upp komin fyrr en seint á 19. öld. Víst er um það, að það var ekki fyrr en á þeirri 20., sem hún komst í framkvæmd.