Þegar hér er komið sögu verður gagnger breyting á stjórn hreppanna hér á landi. Hið forna sjálfstæði þeirra er afnumið, en þeir lagðir undir hina almennu umboðsstjórn. Með konungsúrskurði 21. júlí 1808 var ákveðið, að hreppstjórum skyldi fækkað og þeir gerðir að föstum embættismönnum ríkisins. Á grundvelli þessa konungsúrskurðar gáfu amtayfirvöldin út rækilega erindisskrá eða embættisbréf handa hreppstjórum, hið svonefnda „hreppstjórainstrúx, 24. nóv. 1809.[note]Pr. í Leirárgörðum 1810 og í Lovsaml. for Island VII, 305-340. [/note] Þar er safnað saman reglum þeim, er þá giltu um sveitarstjórn og umboðsstörf hreppstjóra, skipun þeirra, kjör og starfsskyldur. Þar er mælt svo fyrir, að hreppstjórar skuli vera tveir í hreppum, sem höfðu yfir 400 íbúa, en aðeins einn í fámennari hreppum. Skyldir voru menn sem áður að taka við hreppstjórn. Höfðu hreppstjórar fyrst í stað þau hlunnindi, að þeir voru lausir við að greiða skatt til konungs og fátækra, en þau hlunnindi voru af tekin fáum árum síðar (1819). Bændur voru nú algerlega sviptir hinum forna rétti sínum til að kjósa hreppstjóra, en sá háttur var nú á hafður um val þeirra, að sýslumaður gerði tillögur um nokkra menn til amtsíns og amtmaður valdi síðan einn eða tvo úr þeirra hópi og fekk þeim skipunarbréf. Um leið og nýskipaður hreppstjóri tók við starfi, var hann látinn vinna hátíðlegan embættiseið. Sem sýnishorn slíks eiðs fer hér á eftir hreppstjóraeiður Sigurðar Erlendssonar á Hæringsstöðum frá 18. maí 1826.

„Eg, Sigurður Erlendsson, sver þann eið og segi það guði almáttugum, að eg sem kjörinn hreppstjórnarmaður skal í öllu, sem mér er mögulegt, vera mínum allranáðugasta kóngi hollur og trúr, hlýða hans og minna af honum settra yfirvalda tilskipunum, gjöra engum í mér tiltrúuðum hrepp órétt af ásettu, stunda að viðhalda góðri reglu og siðsemi, eftir sem eg get, fara ráðvandlega og frómlega með mér á hendur faldar fátækra eigur og mér svo í öllu hegða sem ráðvöndum og framkvæmdarsömum hreppstjóra ber og vel sómir eftir beztu þekkingu og samvizku og laganna fyrirsögn. Svo sannarlega hjálpi mér guð og hans heilaga orð.“[note]Bréfasafn Árnessýslu í Þjóðskjalasafni.[/note]

Sú skipan, sem upp var tekin með hreppstjóratilskipuninni 1809, hélzt óbreytt, unz sveitarstjórnarlögin frá 1872 gengu í gildi. Á þessu tímabili voru jafnan tveir hreppstjórar í Stokkseyrarhreppi vegna fjölmennis hreppsbúa. Áttu þeir samkvæmt reglugerðinni að skipta hreppnum jafnt á milli sín, en aðstoða þó hvor annan, ef vandamál bar að höndum. Voru hreppstjórar þá valdamestir í sveitarmálum sem þeir hafa nokkurn tíma verið.

Þegar hreppstjórar voru valdir í fyrsta sinn í Stokkseyrarhreppi eftir þessu skipulagi, nefndi sýslumaður til sex bændur í þessari röð, er amtmaður skyldi svo velja um: hreppstjórana Jón Einarsson á Baugsstöðum, Jón Þórðarson í Móhúsum og Þorkel Jónsson á Háeyri og bændurna Hannes Árnason á Baugsstöðum, Bjarna Magnússon á Leiðólfsstöðum og Sigurð Erlendsson á Hæringsstöðum. Fyrir valinu urðu tveir hinir fyrstnefndu, sem höfðu lengst gegnt hreppstjórastarfi áður. Þannig var farið að í hvert sinn sem hreppstjóraembætti losnaði, og verður það ekki nánar rakið hér, en þessir menn voru hreppstjórar í Stokkseyrarhreppi á umræddu tímabili:

• Jón Einarsson, Baugsstöðum (1792)-1823.
• Jón Þórðarson, Vestri-Móhúsum (1801)-1838.
• Guðmundur Ögmundsson verzlunarstj., Eyrarbakka, 1/9 1823-dauðadags 7/6 1824.
• Sigurður Erlendsson, Hæringsstöðum, 1825-1833.
• Adólf Petersen, Steinskoti, síðar á Stokkseyri, 1833-1859.
• Eyjólfur Björnsson, Háeyri, 1838-1841, er hann fluttist til Þorlákshafnar.
• Þorleifur Kolbeinsson, Háeyri, 15/10 1841-2/6 1866, baðst lausnar vegna ósættis við sýslumann.
• Bjarni Hannesson, Óseyrarnesi, 1859-1866, baðst lausnar af sömu ástæðu.
• Gísli Gíslason, Stóra-Hrauni, 1866-1871.
• Páll Jónsson, Syðra-Seli, 1866-1870.
• Þorkell Jónsson, Óseyrarnesi, 30/7 1870–19/11 1873.
• Þórður Pálsson silfursmiður, Brattsholti, 1871-1885.