Meðan prestskyld var á Stokkseyri í kaþólskum sið, hefir Stokkseyrarsókn verið sérstakt prestakall. Svo var enn um aldamótin 1400, eins og sjá má af Vilkinsmáldaga. Hins vegar er prestskyldin niður fallin á dögum Gísla biskups Jónssonar samkvæmt máldaga kirkjunnar frá 1560. Líklegt er, að þessi breyting hafi orðið seint á 15. öld, um 1470 eða litlu síðar. Þá komst heimajörðin Stokkseyri í leiguábúð og var það síðan fram um siðaskipti. Munu leiguliðar hafa verið ófúsir að halda prest og eigendur jarðarinnar, Klofamenn, er fjarri bjuggu, eigi talið sig svo nákomna kirkjunni, að þeir vildu bera kostnað af presti sjálfir. Mætti geta þess til, að þeir hefðu gefið kirkjunni jörðina Sel til þess að leysa sig undan prestskyldinni, en vitað er, að kirkjan eignaðist hana á 15. öld.

Þegar prestskyld lagðist niður á Stokkseyri, varð kirkjan þar útkirkja (annexía) frá Gaulverjabæ. Þjónuðu Bæjarprestar Stokkseyrarsókn auk Gaulverjabæjarsóknar, og nefndust þær til samans Gaulverjabæjarprestakall. Var það um langan aldur fjölmennasta prestakall landsins með yfir 1000 íbúa.

Samstaða þessara sókna hélzt óbreytt hátt upp í fjórar aldir. En með konungsbréfi l. maí 1856 voru gerðar miklar breytingar á skipun prestakalla í Flóa. Tvö forn prestaköll, Villingaholts- og Kaldaðarnesprestakall, voru lögð niður, en eitt nýtt stofnað, er hlaut nafnið Stokkseyrarprestakall. Breytingarnar voru framkvæmdar með þeim hætti að Villingaholtsprestakalli var skipt á þann veg, að Hróarsholtssókn var sameinuð Hraungerði, en Villingaholtssókn Gaulverjabæ, og mynduðu þessar tvær sóknir nú Gaulverjabæjarprestakall, en á hinn bóginn voru Stokkseyrarsókn og Kaldaðarnessókn sameinaðar, og mynduðu þær hið nýja Stokkseyrarprestakall.[note] Lovsaml. for lsland XVI, 478-481.[/note]

Eins og áður er frá sagt, var Stokkseyrarsókn skipt í tvær sóknir árið 1894, og varð hin nýja Eyrarbakkasókn þá þriðja sóknin í prestakallinu. Árið 1902 var kirkjan í Kaldaðarnesi hins vegar aftekin og Kaldaðarnessókn skipt á milli Eyrarbakkasóknar og Stokkseyrarsóknar. Urðu sóknirnar í prestakallinu þá aðeins tvær, þótt það næði yfir sama svæði sem áður. En ekki var þess þó langt að bíða, að hér yrði enn breyting á. Með lögum 16. nóv. 1907 var Gaulverjabæjarprestakall lagt niður og því skipt upp þannig, að Villingaholtssókn var lögð til Hraungerðis, en Gaulverjabæjarsókn til Stokkseyrar.[note] Stjórnartíð. 1907, A, 280-288. [/note] Hefir skipan Stokkseyrarprestakalls verið óbreytt síðan. Nær það yfir 3 stórar sóknir og 4 neðstu hreppa Flóans og mun vera eitt fjölmennasta prestakall á landi hér utan kaupstaða.

Síðustu lög um skipun prestakalla voru sett 4. febr. 1952. Þar er prestssetur ákveðið á Eyrarbakka, eins og verið hafði áður um nokkurt skeið. Ein breyting var þar gerð um Stokkseyrarprestakall, sem vakti nokkra undrun. Nafni þess var breytt, og heitir það nú Eyrarbakkaprestakall.[note] Stjórnartíð. 1952, A, 55-63.[/note] Þó að það eigi að ýmsu leyti vel við, verður því varla neitað, að viðkunnanlegra hefði verið að halda gamla nafninu, sem átti einnig vel við og hafði þar að auki unnið sér aldargamla hefð.