Kirkjan á Stokkseyri var bændakirkja fyrr á tímum sem aðrar kirkjur hér á landi. Bændakirkjur urðu þannig til, að bændur reistu á eiginn kostnað kirkjur á jörðum sínum, ýmist að áeggjan kennimanna eða af trúarlegum áhuga. ,,Hvatti menn það mjög til kirkjugerðar, að það var fyrirheit kennimanna, að maður skyldi jafnmörgum mönnum eiga heimilt rúm í himnaríki, sem standa mætti í kirkju þeirri, er hann léti gera.”[note] Ísl. sögur III, 136 (Eyrbyggja s. 49. kap.), sbr. VII, 207 (Heiðarvíga s. 8. kap.).[/note] Það var þó ekki fyrr en með tíundarlögunum 1097 og setningu kristinréttar hins forna um 1123, að nokkurn veginn föst skipan komst á málefni kirkjunnar hér á landi. Tveir fjórðungar tíundarinnar, þ. e. kirkjutíund og preststíund, voru lagðar til kirkna og prestareiðu og goldnir kirkjueigendum, en þar á móti voru kirkjueigendur skyldir til að annast endurbyggingar og viðhald kirkna sinna, sjá þeim fyrir nauðsynlegum helgigripum og kosta prestsþjónustu við þær. Gerði kirkjueigandi það ýmist með því að halda heimilisprest eða kaupa þjónustu af nágrannapresti fyrir ákveðið gjald. Einnig var kirkjueigendum skylt að láta gera skrá um eignir kirknanna, þar á meðal um allar gjafir, sem þeim áskotnuðust, og hvernig því fé hefði verið varið. Skrár þessar nefndust máldagar, og skyldi lesa þær að kirkju einu sinni á ári í áheyrn safnaðarins. Er margt máldaga þessara enn til, og eru þeir hinar merkustu heimildir um íslenzkir kirkjur á fyrri öldum. Til er aðeins einn máldagi kirkjunnar á Stokkseyri úr kaþólskri tíð í máldagasafni Vilkins biskups 1397, en síðan ekki fyrr en eftir siðaskipti í máldagasafni Gísla biskups Jónssonar 1560 og síðar.[note] Ísl. fornbrs. IV,58; XIII, 552; XV, 656.[/note]

Þegar fram liðu stundir, auðguðust margar kirkjur stórum bæði af tíundum, ef sóknir voru fjölmennar, og einkum af alls konar gjöfum og áheitum. Margir auðugir kirkjueigendur gáfu kirkju sinni jarðeignir eða lausafé, aðrir arfleiddu hana að nokkrum hluta eigna sinna. En er kirkjuvaldinu óx fiskur um hrygg, fóru biskupar að heimta í sínar hendur forræði allra kirkna á landinu og einkum þeirra, er auðugar voru. Spruttu af því langar og harðar deilur, hin svokölluðu staðamál, sem alkunnugt er. Þessum deilum lyktaði að mestu með sættargerðinni í Ögvaldsnesi 1297, þar sem ákveðið var, að biskup skyldi hafa forræði þeirra kirkjustaða, sem kirkjur áttu alla, en bændur ráða fyrir hinum, sem þeir áttu hálfa eða meira í. Þá hefir Gaulverjabær t. d. komizt undir forræði biskups og orðið staður (beneficium), en kirkjan þar lénskirkja, með því að hún átti eða eignaðist litlu síðar allt heimaland með gögnum og gæðum.[note]Ísl. fornbrs. II, 671.[/note] Hins vegar eignaðist Stokkseyrarkirkja aldrei neitt í heimalandi og hélt því áfram að vera bændakirkja þrátt fyrir allt það umrót, sem af staðamálum leiddi. Á þeirri aðstöðu kirkjunnar urðu engar breytingar fyrr en seint á 19. öld.

Eins og nærri má geta, hefir oltið á ýmsu um aðbúð og ytri hag Stokkseyrarkirkju í aldanna rás. Stundum stóð hagur hennar með blóma, en oftar barðist hún í bökkum eða bjó við fátækt og niðurníðslu. Þetta fór mest eftir vilja og getu kirkjueigandans á hverjum tíma, en einnig að nokkru eftir árferði og efnahag sóknarmanna, sem greiða áttu gjöld til kirkjunnar. Að vísu áttu biskupar og síðar meir prófastar, eftir að þeir komu til, að hafa eftirlit með því, að kirkjum væri sómasamlega við haldið, að þær væru endurbyggðar, er þörf krafði, að þær ættu alla nauðsynlega kirkjugripi, þá er til embættisgerðar þurfti að hafa, og að sjóðum þeirra væri til skila haldið. En þrátt fyrir slíkt eftirlit og föðurlegar áminningar virðast sumir kirkjueigendur hafa verið harla tómlátir um hag kirkju sinnar. Á það auðvitað ekki síður við Stokkseyrarkirkju en margar aðrar stallsystur hennar, og sérstaklega virðist slíks tómlætis hafa gætt þar, er heimajörðin var í leiguábúð og kirkjueigandinn víðs fjarri.

Líklega hefir hagur Stokkseyrarkirkju aldrei staðið í meiri blóma en á dögum þeirra Jóns Jónssonar og Jóns Brandssonar, sem voru kirkjueigendur og bændur á Stokkseyri fyrir og eftir aldamótin 1400. Á þeirra dögum var gerður Vilkinsmáldagi Stokkseyrarkirkju, sem áður er nefndur. Þá átti kirkjan land í Meðalholti, 15 hndr. að dýrleika, þ. e. jörðina Austur-Meðalholt, eins og sjá má af yngri heimildum, ennfremur 14 kýr, 36 ær, 5 hross og hálft þriðja hundrað í vaðmálum, tvenn messuklæði og margt kirkjugripa. Tekið er og fram, að á Stokkseyri skuli vera prestur heimilisfastur. Á 16. öld hefir hagur kirkjunnar stórum versnað, og kann umrót siðaskiptanna að hafa valdið því að nokkru og eigi síður hitt, að um þær mundir bjuggu alllengi leiguliðar á Stokkseyri. Samkvæmt máldögum Gísla biskups Jónssonar frá 1560 og 1570 hefir kirkjunni að vísu bætzt auk Meðalholts jörðin Sel, 20 hndr., þ. e. Efra-Sel og Syðra-Sel í Stokkseyrarhreppi, en að öðru leyti hafa eignirnar stórum rýrnað; á kirkjan þá aðeins 3 kýr og 2 ásauðar kúgildi og miklu færri kirkjugripi en áður. Á prestsskyld er ekki minnzt. f tíð þeirra feðga Bjarna lögréttumanns Sigurðssonar og síra Þorláks, sonar hans, hefir hagur kirkjunnar eitthvað vænkazt, og víst er um það, að báðir gáfu henni gjafir, enda voru þeir stórauðugir. Á dögum Stokkseyrar-Dísu á fyrstu áratugum 18. aldar var kirkjan í mörgu vanrækt, enda átti Þórdís í miklu málastappi út af kirkjusjóðnum við prófast og biskup og urðu erfingjar hennar að gjalda stórfé í bætur til kirkjunnar. Á 19. öld virðast kirkjueigendur á Stokkseyri hafa haldið kirkjuna sómasamlega, og á það ekki sízt við Adólf Petersen, sem m. a. endurbyggði hana stærri og veglegri en áður og horfði lítt í kostnað við það.

Lengi fram eftir öldum var Stokkseyri óskipt og eins manns eign og þar með auðvitað kirkjan líka. Þegar eigendur jarðar og kirkju voru búsettir þar, hafa þeir að sjálfsögðu haft á hendi umsjón og eftirlit með kirkjunni. En stundum var jörðin í leiguábúð, t. d. á árunum um 1470-1558 og 1568-1600, og hafa eigendur þá falið leiguliðum sínum að hafa umsjón með kirkjunni. Þó að kirkjunni væri án efa óhagstætt, að eigendur hennar væru búsettir fjarri henni, var það þó bót í máli, að ekki var nema við einn mann að eiga um allt það, er kirkjuna varðaði; þar var ekki við neinn annan að metast. Eftir daga Bjarna lögréttumanns Sigurðssonar (d. 1653) varð sú breyting á eignarhaldi Stokkseyrar, að jörðinni var skipt milli þriggja sona hans og eftir lát eins þeirra, síra Þorláks Bjarnasonar, tveimur áratugum síðar milli hinna bræðranna tveggja. Upp frá því voru eigendur Stokkseyrar lengstum tveir, er áttu sinn helming jarðarinnar hvor, annar austurpartinn, en hinn vesturpartinn.[note] Sbr. Bólstaðir o, s. frv., 118.[/note] Þessi breyting náði einnig til kirkjunnar. Eigendur hennar urðu einnig tveir og og bar báðum jöfn skylda til að annast hana og halda henni við. En um það reyndist ekki alltaf sem bezt samkomulag, og hefir kirkjan orðið að gjalda· þess. Til þess að ráða bót á þessu gerðu þeir síra Einar Jónsson, sem hafði fengið vesturpart Stokkseyrar með konu sinni Þórdísi Jónsdóttur, og Brynjólfur Sigurðsson sýslumaður, eigandi austurpartsins, samning með sér í Hjálmholti 6. júní 1750, þar sem síra Einar afhendir Brynjólfi öll umráð og umsjón með kirkjunni fyrir sína hönd og Þórdísar, konu sinnar, en Brynjólfur kvittar hann hins vegar af öllum skuldum og skyldum við kirkjuna. Í samningnum er tekið fram, að þeir geri þessa ráðstöfun fyrst og fremst til þess, að komizt verði hjá tvídrægni milli jarðareigenda um viðhald kirkjunnar í framtíðinni.[note] Kirkjustóll Stokkseyrarkirkju 1748-1819 í Þjóðskj.safni.[/note] Eftir þetta fylgdi kirkjan jafnan austurparti Stokkseyrar.

Brynjólfur sýslumaður andaðist 1771, og erfði þá Einar stúdent yngri[note] Ekki Einar eldri, eins og talið er í Bólstöðum o. s. frv., 119-120.[/note] sonur hans, austurpart Stokkseyrar og þar með kirkjuna, en Steindór sýslumaður Finnsson fór með umboð hans. Eftir lát Einars Brynjólfssonar 1793 seldu erfingjar hans umrædda eign Guðmundi Jónssyni dbrm. í Skildinganesi, og var hún síðan í eigu Péturs í Engey, sonar hans, og Sigurðar Ingjaldssonar í Hrólfsskála, tengdasonar Péturs, unz Jón hreppstjóri hinn ríki í Vestri-Móhúsum keypti hana af þeim hinn 31. ágúst 1848. Jón í Móhúsum lézt árið eftir, og erfði þá tengdasonur hans, Adólf Petersen hreppstjóri, austurpart Stokkseyrar ásamt kirkjunni, en eftir lát Adólfs 1872 erfðu þessa eign synir hans, Adólf Adólfsson á Stokkseyri að hálfu og Jón Adólfsson í Grímsfjósum og Jóhann Adólfsson á Stokkseyri að fjórðungi hvor. Voru þeir bræður síðustu kirkjubændurnir á Stokkseyri.

Eins og sjá má af því, sem nú hefir verið rakið um eigendur Stokkseyrarkirkju, voru þeir lengst af á þessu tímabili búsettir víðs fjarri henni. Þeir urðu því að fela einhverjum sóknarmanni alla umsjón og eftirlit með kirkjunni. Sennilega hefir Gamalíel Jónsson hreppstjóri á Stokkseyri ( d. 1777) haft það starf á hendi á sinni tíð, og víst er, að sonur hans, Árni hreppstjóri í Dvergasteinum, var kirkjuvörður 1780, líklega tekið við af föður sínum. Þá er og víst, að Jón Ingimundarson hreppstjóri á Stokkseyri ( d. 1825) var lengi kirkjuvörður, og mun Jón Gamalíelsson bóndi á Stokkseyri hafa tekið við af honum, en síðan Jóhann Bergsson á Stokkseyri, unz Adólf Petersen fluttist þangað og tók við því sjálfur og síðan af honum Adólf, sonur hans.

Þegar hér er komið sögu, þ. e. á síðustu áratugum 19. aldar, var hafinn áróður fyrir því bæði á alþingi og utan þess að leggja smám saman niður hinar fornu bændakirkjur og afhenda þær söfnuðunum, jafnóðum og þeir kynnu að óska þess. Voru því sett ný lög um umsjón og fjárhald kirkna á alþingi 1882.[note] Stjórnartíð. 1882, A, 76-78.[/note] Þar var svo fyrir mælt, að þegar ¾ hlutar sóknarmanna, sem til kirkju gjalda í hverri sókn, óska þess á almennum safnaðarfundi, að söfnuðurinn taki að sér umsjón og fjárhald kirkjunnar og eigandi hennar eða umráðamaður er fús að láta það af hendi, þá skuli afhenda kirkjuna söfnuðinum að fengnu samþykki héraðsfundar og biskups. Skyldi þá söfnuðurinn gangast undir allar þær skyldur, sem legið höfðu á eigendum eða forráðamönnum kirkjunnar, að því er kæmi til endurbyggingar hennar, viðhalds og hirðingar, en með þau mál, svo og fjárheimtu og annað, sem kirkjuna varðaði, skyldi sóknarnefnd fara fyrir hönd safnaðarins. Höfðu þá fyrir skömmu verið sett lög um stjórn safnaðarmála og skipun sóknarnefnda og héraðsnefnda, sem gilda í aðalatriðum enn í dag.[note] Stjórnartíð. 1880, A, 28-30, sbr. Stjórnartíð. 1907, A, 214-220.[/note] Vaknaði brátt áhugi á þessu máli í Stokkseyrarsókn, og á safnaðarfundi í júní 1885 var samþykkt að æskja þess við hlutaðeigendur, að söfnuðurinn tæki að sér umsjón kirkjunnar. Náðist um það fullt samkomulag ásamt leyfi yfirvalda, og fór afhendingin fram 8. júní 1886. Afhendingarmenn voru þáverandi eigendur kirkjunnar, en viðtakendur fyrir safnaðarins hönd voru þeir Einar Jónsson borgari á Eyrarbakka, Páll Eyjólfsson meðhjálpari í Íragerði og Bjarni Pálsson organisti í Götu, þáverandi sóknarnefndarmenn. Þess skal getið, að sjóður kirkjunnar nam þá kr. 1414.26, og var hann látinn nægja sem ofanálag á kirkjuna, sem var þá orðin allhrörleg. Þannig varð hin aldagamla bændakirkja á Stokkseyri að safnaðarkirkju, sem hún hefir síðan verið. En fyrsta verk hinna nýju eigenda var að láta endurbyggja kirkjuna þegar á sama ári. Formenn sóknarnefndar og safnaðarfulltrúar hafa þessir menn verið, sem munað verður: Sigurður Einarsson verzlunarmaður á Stokkseyri frá því um 1905 og eitthvað fram yfir 1920, Gísli Pálsson bóndi í Hoftúni þar næst til dauðadags 1943, þá Guðmundur Einarsson í Merkigarði til 1951, svo Jón Magnússon kaupmaður til 1955 og síðan Guðjón Jónsson í Vestri-Móhúsum. En umsjónarmenn kirkjunnar eða kirkjuverðir hafa þessir menn verið, síðan hún varð safnaðarkirkja: Adólf Adólfsson bóndi á Stokkseyri, Sigurður Einarsson verzlunarmaður á Stokkseyri, Gísli Pálsson í Hoftúni og síðan 1943 Eyþór Eiríksson verzlunarmaður á Stokkseyri.