Stokkseyrarsel var upphaflega sel frá Stokkseyri, eins og nafnið bendir til, en varð síðar hjáleiga þaðan. Svo vel vill til, að áreiðanleg heimild er fyrir hendi um það, hvenær byrjað var að hafa þar í seli. Í vitnisburðarbréfi Odds Grímssonar á Hrauni um landamerki Stokkseyrar og Hrauns um 1560 segir svo, að Eyjólfur heitinn Þorvaldsson „gjörði sel frá Stokkseyri fyrir austan hólana, þar sem kotungarnir frá Stokkseyri nú hafa sín sel; hafði og Gunnar heitinn Þórðarson, þá hann bjó á Stokkseyri, sín sel í sama stað, en aldrei voru þeir hólar eignaðir Stokkseyri, heldur Hrauni“ ( Ísl. fornbrs. XIII, 562).

Eyjólfur Þorvaldsson hefir búið á Stokkseyri um 1520-1535, en Gunnar Þórðarson um 1540-1550 eða nokkru lengur. Sel hefir því verið tekið fyrst upp á þessum stað um 1520 og Stokkseyrarbændur notað það fram yfir 1550, en síðan hjáleigubændur í Stokkseyrarhverfi, unz það var tekið í fasta ábúð, líklega þegar á dögum Sigurðar Bjarnasonar á Stokkseyri (1558-70). Árið 1580 afhenti Markús sýslumaður Ólafsson Bjarna Sigurðssyni, stjúpsyni sínum, 13 ára gömlum, Stokkseyrarselið sem sérstaka eign, og er það þá sennilega orðið býli. Þegar Bjarni hafði tekið við allri Stokkseyri fyrir eða um aldamótin 1600, varð Stokkseyrarsel hjáleiga þaðan. Líklega hefir þá þegar verið orðið tvíbýli í Stokkseyrarseli; að minnsta kosti er sú skipan á komin fyrir 1681. Nefndist annað býlið Vestra-Stokkseyrarsel, einnig nefnt Ytra-Stokkrseyrarsel eða Vestursel. en hitt Eystra-Stokkseyrarsel. Sjá nánara um býli þessi hvort í sínu lagi.