Það má telja nokkurn veginn víst, að kirkjan á Stokkseyri hafi þegar í upphafi verið sóknarkirkja, þ. e. að til hennar hafa verið lagðir ákveðnir bæir að tollum og tíundum, messusöng og prestsþjónustu. En það var á valdi biskupa að ákveða, hver sókn skyldi vera, og munu litlar breytingar á því hafa orðið, eftir að tíundarlögin voru sett í lok 11. aldar. Má því ætla, að Stokkseyrarsókn hafi verið nokkurn veginn óbreytt síðan og með þeirri skipan, sem hún hefir haft á seinni öldum.

Elzta heimild um stærð sóknarinnar er máldagi Stokkseyrarkirkju frá 1560, en þar segir m. a. svo: „Item liggja þar 13 bæir til kirkjusóknar.“[note] Ísl. fornbrs. XIII, 552.[/note] Hér eru einungis lögbýli talin, og einnig virðist heimajörðin Stokkseyri undanskilin í tölunni ásamt kirkjujörðinni Seli, sem þá var ein jörð. Hefir Stokkseyri þótt svo sjálfsögð, að ekki þurfti að telja hana með, og sama máli hefir líklega gegnt um Sel, en þannig hlýtur þetta að vera, svo að talan komi heim. Hinir 13 bæirnir í sókninni hafa þá verið þessir: Nes, Rekstokkur, Einarshöfn, Skúmsstaðir, Háeyri, Hraun, Skipar, Traðarholt, Brattsholt, Tóftar, Leiðólfsstaðir, Kökkur, sem þá hefir verið ein jörð, og Ásgautsstaðir. Hafa þessir bæir allir verið í Stokkseyrarsókn, svo lengi sem sögur fara af, ásamt hjáleigum og þurrabúðum, sem þeim fylgdu.

Þar sem sóknaskipting laut hinu kirkjulega valdi, en hreppaskipting hinu veraldlega, fór þetta tvennt eigi nærri alltaf saman. Urðu sóknaskil og hreppamörk því víða mismunandi Stokkseyrarhreppur skiptist t. d. á seinni öldum milli þriggja kirkjusókna, og var skiptingin þessi:

1) Stokkseyrarsókn, sem var langstærsti hluti hreppsins. Til hennar töldust allir þeir bæir, sem áður voru nefndir.

2) Gaulverjabæjarsókn, en til hennar töldust bæirnir Baugsstaðir, Hólar, Hæringsstaðir og Holt ásamt hjáleigum, sem þeim fylgdu öðrum en Brú og Oddagörðum.

3) Laugardælasókn, en til hennar töldust hjáleigurnar Brú og Oddagarðar, sem eru báðar byggðar upp á síðari öldum.

Stokkseyrarsókn hefir jafnan verið fjölmenn á seinni öldum. Verzlunarstaðurinn á Eyrarbakka og verstöðvarnar þar og á Stokkseyri drógu að sér fólk til búsetu, svo að snemma mynduðust smáþorp hjáleigubyggðar og þurrabúða umhverfis þessa staði. Árið 1703 voru í sókninni 528 menn heimilisfastir, árið 1762 470 og 1801 444, svo að á 18. öldinni hefir fólkinu farið heldur fækkandi; hafa móðuharðindin og önnur óáran valdið því. Á fyrra hluta 19. aldar verða breytingar ekki miklar, en úr því fer fólkinu að fjölga að marki, eins og þessar tölur sýna:

1818 – 510
1830 – 440
1840 – 474
1850 – 453
1860 – 595
1870 – 677
1880 – 846
1890 – 1200

Allan seinni hluta aldarinnar heldur fjölgunin áfram jafnt og stöðugt, en á áratugnum 1880-1890 tekur fyrst steininn úr. f lok hans eru sóknarmenn orðnir rösklega helmingi fleiri en þeir voru fyrir þremur áratugum. Þetta var höfuðástæðan til þess, að tekið var að ræða um að skipta sókninni í tvennt og reisa nýja kirkju á Eyrarbakka. Fekk það mál góðan hljómgrunn, ekki sízt fyrir þá sök, að sóknarpresturinn, síra Jón Björnsson, gerðist einn af helztu forgöngumönnum kirkjubyggingarinnar og barðist fyrir henni af miklum áhuga. Var sóknarnefnd þessu einnig meðmælt. Árið 1885 samþykkti héraðsfundur Árnesprófastsdæmis að mæla með beiðni sóknarnefndar Stokkseyrarsóknar til biskups um að byggja megi nýja kirkju á Eyrarbakka. Að tilhlutan biskups gaf landshöfðingi út bréf um málið 11. marz 1886, þar sem hann fellst á, að Stokkseyrarsöfnuður megi byggja umrædda kirkju auk þeirrar, sem þegar er á Stokkseyri, að báðar kirkjur þær, sem þannig verða í sókninni, megi hafa sameiginlegan sjóð og að einn og sami kirkjugarður verði fyrst um sinn notaður frá báðum kirkjum.[note]Stjórnartíð. 1886, B, 41.[/note] Var nú tekið að safna fé til hinnar nýju kirkjubyggingar. Efnt var til happdrættis, hlutavelta haldin og almennra samskota leitað, einstaklingar gáfu höfðinglegar gjafir og kaupmenn lánuðu efni til byggingarinnar með hagstæðum kjörum. Þrátt fyrir það varð róðurinn þungur að koma kirkjunni upp, en hér sannaðist sem oftar, að sigursæll er góður vilji.

Árið 1890 var hin nýja og veglega kirkja á Eyrarbakka reist frá grunni, og stendur hún enn í dag. Var hún vígð með mikilli viðhöfn hinn 14. des. 1890 af Hallgrími biskupi Sveinssyni. Eftir það fóru messur fram í kirkjunni, eins og lög gera ráða fyrir, en þó liðu enn 4 ár, unz hún öðlaðist full réttindi sem sóknar- og graftarkirkja. f bréfi landshöfðingja, sem um var getið, er gert ráð fyrir því, að einn og sami kirkjugarður, þ. e. kirkjugarðurinn á Stokkseyri, verði fyrst um sinn notaður frá báðum kirkjum. Stóð svo til 27. nóv. 1894, er nýr kirkjugarður var vígður á Eyrarbakka og fyrsta líkið grafið þar, – lík Jóns sterka Jónssonar á Litlu-Háeyri. Seint á sama ári var endanlega gengið frá skiptingu Stokkseyrarsóknar, og varð um hana fullt samkomulag sóknarnefnda í báðum sóknum. Að fengnu áliti og samþykki biskups gaf landshöfðingi út bréf um skiptingu sóknarinnar hinn 24. des. 1894, þar sem hann gefur samþykki sitt til þess:

1) að Stokkseyrarsókn sé skipt í 2 sóknir, er nefnist Eyrarbakkasókn og Stokkseyrarsókn, þannig að til Eyrarbakkasóknar teljist bærinn Óseyrarnes ásamt Eyrarbakkaverzlunarstað allt að Litla-Hrauni, en í Stokkseyrarsókn ráði Litla-Hraun mörkum að vestan og hin gömlu mörk hinnar núverandi Stokkseyrarsóknar að austan.

2) að eignir og skuldir Stokkseyrarkirkju eins og þær verða, þegar skipti fara fram, að undanteknum kirkjuhúsum, ornamentis og instrúmentis, skiptist jafnt milli hinna nýju sókna.

3) að hvor hinna nýju sókna hafi, að aflokinni skiptingu, sinn aðskilda fjárhag, þannig að Eyrarbakkakirkja hljóti allar tekjur af Eyrarbakkasókn og Stokkseyrarkirkja af Stokkseyrarsókn.

Enn fremur er tekið fram í bréfinu, að kosning sú á safnaðarfulltrúum og sóknarnefndum fyrir hinar nýju sóknir, er fram hafi farið fyrirfram, sé ógild, nema hún verði staðfest eftir á á löglegum safnaðarfundum, eftir að skiptingin er komin í kring.[note]Stjórnartíð. 1894, B, 211-212.[/note]

Þegar sóknarskiptingin kom í framkvæmd 1895 og Eyrarbakkasókn er færð sérstök í fyrsta sinn í sóknarmannatali prestakallsins, voru sóknarmenn þar 684 að tölu, en í Stokkseyrarsókn 636. En þegar á næsta ári var hin síðarnefnda orðin fólksfleiri og var það lengi síðan.

Í landshöfðingjabréfinu um sóknaskiptin er svo fyrir mælt, að eignir og skuldir Stokkseyrarkirkju skyldu skiptast jafnt milli hinna nýju sókna. Meðal þeirra eigna voru hinar fornu jarðir Stokkseyrarkirkju, Austur-Meðalholt og Selin bæði. Hafa þau verið seld undan kirkjunum, Efra-Sel 1909 og Syðra-Sel 1916,[note] Bólstaðir o. s. frv., 51, 159.[/note] en hins vegar eru Austur-Meðalholt enn í eigu kirknanna. Var sú jörð komin í eigu Stokkseyrarkirkju árið 1397, en enginn veit, hve kirkjan var þá búin að eiga hana lengi.

Hinn 13. des. 1902 var með landshöfðingjabréfi samþykkt að biskups ráði og ákvörðun hlutaðeigandi safnaðar, er héraðsfundur hafði lagt með, að Kaldaðarneskirkja yrði lögð niður og Kaldaðarnessókn skipt milli Eyrarbakkasóknar og Stokkseyrarsóknar. Var sókninni skipt þannig, að til Eyrarbakkasóknar voru lagðir bæirnir Kotferja, Kaldaðarnes með hjáleigum, Kálfhagi og Flóagafl með hjáleigum, en til Stokkseyrarsóknar bæirnir Stóra-Sandvík með hjáleigunni Stekkjum, Litla-Sandvík og Eyði-Sandvík með hjáleigunni Geirakoti.[note] Stjórnartíð. 1902, B,291.[/note] Sumar af þessum jörðum eru nú komnar í eyði, en að öðru leyti hefir þessi skipan haldizt óbreytt síðan.

Næsta breytingin á sóknarskilum á þessum slóðum var varðandi Hraunshverfið. Í bréfi landshöfðingja um sóknaskiptinguna voru mörkin sett um landamerki Litla-Hrauns að vestan, og var Hraunshverfið því í Stokkseyrarsókn, eins og að fornu hafði verið. Þegar fram í sótti, þótti Hraunshverfingum sér hentugra að sækja kirkju til Eyrarbakka, m. a. vegna þess að hverfið taldist þá orðið til Eyrarbakkahrepps og í öðru lagi gat Hraunsá stundum á vetrum orðið erfiður farartálmi á leiðinni til Stokkseyrar. Þeir báru því fram beiðni um það að mega sameinast Eyrarbakkasókn, og samþykkti héraðsfundur 1916 að verða við ósk þeirra. Árið 1920 samþykkti sóknarnefnd Eyrarbakkakirkju að greiða Stokkseyrarkirkju 200 krónur í eitt skipti fyrir öll vegna tekjumissis af Hraunshverfinu. Síðan hafa sóknaskil verið um landamerki Stokkseyrar og Hraunshverfis.

Síðasta breyting á sóknaskilum Stokkseyrarsóknar er sú, að árið 1946 sameinuðust Holt og Hæringsstaðir með hjáleigum (að undanskildum Brú og Oddagörðum) Stokkseyrarsókn samkvæmt óskum ábúendanna.